Ziekteverwekkers bij vleeskuikens kun je indelen in virussen, bacteriën en parasieten. Antibiotica werken alleen tegen bacteriën. De voornaamste bacteriën bij vleeskuikens zijn E-coli en enterococcen.
De meest voorkomende virussen zijn ademhalingsvirussen. Van de parasieten komt de darmparasiet Eimera veelvuldig voor, veroorzaker van coccidiose.
Ziekteverwekkers kunnen op een bedrijf en in de stal worden binnengebracht door personen, voertuigen, het pluimvee zelf, voer, water, ongedierte, materialen en de lucht. Ze kunnen ook al aanwezig zijn in de stal. Er moet dus aandacht besteed worden aan zowel bedrijfshygiëne (externe biosecurity) als stalhygiëne (interne biosecurity).