In zijn PhD-project heeft Harmen Doekes onderzoek gedaan naar de (conservering van) genetische diversiteit in Nederlandse runderen.

Een aantal bevindingen zijn dat:

trends in genetische diversiteit de veranderingen in een fokprogramma weerspiegelen,
inteelt de prestatie van koeien vermindert, maar dat niet alle inteelt evenschadelijk is, en
genenbanken waardevolle bronnen zijn voor de toekomstige fokkerij.

Trends in genetische diversiteit weerspiegelen veranderingen in een fokprogramma

Fokprogramma’s voor landbouwhuisdierrassen veranderen continue. Harmen analyseerde DNA-informatie van Nederlandse Holstein-Friesian stieren uit 3 decennia en liet zien dat veranderingen in het fokprogramma terug te zien zijn in trends in genetische diversiteit. Rond 2000, toen het fokdoel werd verbreed met het toevoegen van non-productie kenmerken, namen de inteelttoename en het verlies van diversiteit af. Rond 2010, toen de fokkerij aanzienlijk werd versneld via de introductie van ‘genomic selection’, namen de inteelttoename en verlies van diversiteit per generatie toe.

Inteelt vermindert de prestatie, maar niet alle inteelt is even schadelijk

Inteelt vermindert de prestatie van dieren. Dit fenomeen wordt inteeltdepressie genoemd. Harmen toonde aan dat meer ingeteelde koeien minder produceren, een lagere vruchtbaarheid hebben en een mindere uiergezondheid hebben. De mate van inteeltdepressie was vergelijkbaar voor verschillende regio’s van het genoom. Wel was er een effect van de leeftijd van inteelt; oude inteelt (d.w.z. inteelt op voorouders van lang geleden) was minder schadelijk dan recente inteelt (d.w.z. inteelt op recente voorouders). Deze resultaten geven inzicht in hoe inteelt het best kan worden beperkt in fokprogramma’s.

Genenbanken zijn waardevolle bronnen voor de toekomstige fokkerij

Sinds het begin van de jaren 90 wordt genetisch materiaal (d.w.z. sperma) van stieren van Nederlandse runderrassen opgeslagen in een nationale genenbank. Harmen liet zien dat het opgeslagen materiaal van Holstein-Friesian stieren waardevol is voor de conservering van genetische diversiteit op de lange termijn en mogelijk ook voor toekomstige genetische vooruitgang wanneer het fokdoel sterk zou veranderen. Daarnaast is laten zien dat de zeven lokale Nederlandse runderrassen in de genenbank unieke genetische diversiteit hebben (hoewel sommige rassen ook overlap laten zien).

Samenwerking

Harmen’s proefschrift is het resultaat van een samenwerking tussen de Animal Breeding and Genomics group (ABG) van Wageningen University & Research, het Centrum voor Genetische Bronnen, Nederland (CGN) van Wageningen University & Research, en de coöperatieve veeverbeteringsorganisatie CRV. Het onderzoek was onderdeel van het EU Horizon 2020 gefinancierde project “Innovative Management of Animal Genetic Resources (IMAGE)” en werd financieel gesteund door het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit.

Nieuwe inzichten in genetische diversiteit in runderen